東京医大の脳外科医として勤務している、南方仁は自身の手術の失敗によって恋人を植物状態にしてしまった事で手術することにトラウマを抱えていた。けれど、ある夜救急で運ばれてきたある男性の脳から腫瘍を摘出。けれど、その手術を受けた重体の男性患者が病室から抜け出し、彼を追いかけている内に屋上から南方仁は落下してしまい目を覚ますと、なんとそこは江戸時代の幕末だった。仁は、歴史を変えると言う事を自覚しながらも自身の高い医療技術を駆使して江戸時代の難病患者たちを救っていく。

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